Dzięki możliwości wprowadzania do systemu nazw genów, identyfikatorów akcesyjnych, lub koordynatów genomu, tworzenie niestandardowych sond znakowych jednokolorowo lub wielokolorowo, a także w oparciu o technikę „break-apart” pozwalającą na identyfikację rearanżacji genomowych.
Szybkie sprawdzanie poprawności wyników, dzięki możliwości stworzenia analogicznego testu do sond FISH dla macierzy docelowego wzbogacania biblioteki.